微波比其它用于輻射加熱的電磁波，如紅外線、遠紅外線等波長更長，因此微波烘干殺菌機具有更好的穿透性。微波透入介質時，由于介質損耗引起的介質溫度的升高，使介質材料內部、外部幾乎同時加熱升溫，形成體熱源狀態，大大縮短了常規加熱中的熱傳導時間，且在條件為介質損耗因數與介質溫度呈負相關關系時，物料內外加熱均勻一致。
物質吸收微波的能力，主要由其介質損耗因數來決定。介質損耗因數大的物質對微波的吸收能力就強，相反，介質損耗因數小的物質吸收微波的能力也弱。由于各物質的損耗因數存在差異，微波加熱就表現出選擇性加熱的特點。物質不同，產生的熱效果也不同。水分子屬極性分子，介電常數較大，其介質損耗因數也很大，對微波具有強吸收能力。而蛋白質、碳水化合物等的介電常數相對較小，其對微波的吸收能力比水小得多。因此，對于食品來說，含水量的多少對微波加熱效果影響很大。
微波干燥殺菌機是利用了電磁場的熱效應和生物效應的共同作用的結果。微波對細菌的熱效應是使蛋白質變化，使細菌失去營養，繁殖和生存的條件而死亡。微波對細菌的生物效應是微波電場改變細胞膜斷面的電位分布，影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，細胞結構功能紊亂，生長發育受到抑制而死亡。此外，微波能使細菌正常生長和穩定遺傳繁殖的核酸RNA和脫氧核糖核酸DNA，是由若干氫鍵松弛，斷裂和重組，從而誘發遺傳基因突變，或染色體畸變甚至斷裂。
微波干燥殺菌機用于粉狀、顆粒、片狀等食品、藥品、營養品、瓶裝液體、糧食制品、農副產品、牛肉、肉脯、方便面、速食品、米粉的干燥、殺菌，杏仁、花生、紅棗、桃仁、板栗的烘烤、膨化、殺菌、脫皮，醬菜、鹵味、各種肉制品小包裝的防霉、殺菌、保鮮，微波烘干殺菌機還用于科研院校。
