微波殺菌存在問題：
（一）微波加熱不均勻
1.微波加熱不均勻的原因：
（1）微波加熱具有選擇性，即使在相同的微波場中，不同的食品材料都存在溫升的差異；
（2）微波具有良好的穿透性，在實(shí)際加熱中受反射、穿透、折射、吸收等影響，即使對(duì)同一食品材料各部分產(chǎn)生的熱能可能存在較大的差異；
（3）電場的尖角集中性，有的也稱菱角效應(yīng)，微波作為電波的一種，其電場有尖角集中性，這是造成食品微波加熱不均勻的主要原因。電場會(huì)向有角的地方集中，這些部分就產(chǎn)熱多，升溫快。為了克服菱角效應(yīng)和熱點(diǎn)的不良影響，人們?cè)谌萜魃献髁嗽S多改進(jìn)，例如盡量使用大小合適的圓角容器，環(huán)狀容器，對(duì)有尖角的食品進(jìn)行整形處理。為了克服微波加熱的局限性，把微波與遠(yuǎn)紅外等加熱方法組合在一起的設(shè)備，成了微波爐開發(fā)的新趨勢。
（二）微波對(duì)人體的影響
從微波的作用原理看，人體也會(huì)吸收微波，因此微波的輻射也會(huì)對(duì)人體產(chǎn)生一定的危害。通常人體受到輻射時(shí)，總是皮膚先感到灼熱，因而可以及時(shí)避讓。然而受微波輻射時(shí)，由于其穿透性，體內(nèi)組織也會(huì)同時(shí)發(fā)熱，而人體內(nèi)神經(jīng)又比較少，所以往往在還未感到灼熱時(shí)，那些耐熱性低的器官已經(jīng)受到損傷。如血管、眼睛和睪丸易受微波侵害，雷達(dá)工作人員常見的病是白內(nèi)障和男性不育。對(duì)微波的使用既要注意安全，但也不需要像對(duì)待放射性那樣過分緊張。
（三）微波殺菌破袋
微波殺菌操作過程中，除了注意不能采用金屬容器和鍍鋁或鋁復(fù)合袋，還存在殺菌過程中密封好的袋子破袋問題，不好解決，亦不好采用殺菌后再封口的做法。目前采用微波殺菌可以在包裝前進(jìn)行，也可以在包裝好以后進(jìn)行。包裝好的食品在進(jìn)行微波加熱殺菌時(shí)，由于袋內(nèi)壓力過高會(huì)脹破包裝袋，因此整個(gè)微波加熱殺菌過程應(yīng)在壓力下進(jìn)行，或?qū)b置于加壓的玻璃容器中進(jìn)行處理。
（四）變色問題
在對(duì)榨菜等產(chǎn)品微波殺菌時(shí)還發(fā)現(xiàn)榨菜產(chǎn)品變色問題。
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